レイアウトのずれを防止する記述を追記してレイアウトを修正してください。
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ショップデザイン / テンプレート選択・編集 / 内部ページ編集Ⅰ / 買い物かごページ管理
それぞれの入力ソースの最上行に テーブルのタグの一部
<tr><td><!--崩れ防止-->
または
</table><!--崩れ防止-->
を記述してください。（tr～の開始タグのみ、またはtableの終了タグ）
前後のソースにより表示が異なる場合があります。デザインにあわせてどちらかを追記してください。
原因）
お知らせと買い物かご画面において、divボックスで囲んだ場合に、出力後のページではdivが終了の</div>よりも前の位置で閉じてしまいます。
構造上、
<div class="M_mainContents" id="M_member">（お知らせ画面）や
<div id="M_basket" class="M_mainContents">（買い物かご画面）の直前のテーブルが
</td></tr>
で終了しているため、divでレイアウトしたさいにテーブルタグの一部が不足し、次に続くdiv要素が 終了して（閉じられて）しまい、レイアウトの構造にずれが生じます。
テーブルの構造が揃うように上記の記述で調整してください。