商品にバリエーションを設定していない場合、出力される要素のid名を使うことで範囲を限定してCSSを適用させてください。
ショップデザイン / テンプレート選択・編集 / トップページ編集 / 共通CSS管理 などに記述してください。
/* 価格（数字）の文字色 */
#M_usualValue td { font-size: 16px !important; color:#ff0000;}
/* 「価格」の文字色 */
#M_usualValue td font { color:#000333;}
/* ポイント（数字） */
span#M_point {font-size:16px; color:#000333;}
・お好みのフォントサイズ、カラーコードを指定してください。
上記の方法は商品にバリエーションを設定していない場合の指定方法です。
オプションが設定されている商品の場合は価格の出力形式が異なります。
以下サポート記事を参照してください。
■makeshopサポート 価格の表示が小さくなってしまう時の対処方法【オプション/オプショングループ編】