クール便・常温便など、温度帯ごとにヤマトB2などの送り状発行システム用のデータを出力する機能はありますか。

ございません。

【ショップ作成】>【配送関連の設定】>【配送の設定】にて「配送方法名」を温度帯ごとに分けて配送設定を作成し、商品登録時に「配送方法指定」で指定することは可能です。

注文の検索条件には「配送方法名」の条件がないため、商品登録時、
「商品名」や「独自商品コード」などの項目に温度帯を判断できるキーワードを盛り込み、注文の検索時にご利用いただくことがおすすめです。