makeshopと独自ドメイン両方をご契約中の場合は、管理画面右上ショップID / 契約情報 / ドメイン管理画面 からログインできます。
ショップ管理画面にログイン認証をする際に、ドメイン用管理画面もあわせて認証しますので、二重のログイン操作は不要となります。
■マニュアル 【ドメイン管理画面】の確認方法
https://manual.makeshop.jp/hc/ja/articles/32744511031577#confirm
makeshopの契約終了後は、『ドメイン管理画面』にアクセスできません。
くわしくは、自動リリースについて をご参考ください。