検索窓に必要な記述が不足しているために動作していない可能性があります。
クリエイターモードでは、1つの「検索ボタン」に対して指定する検索要素の数（検索窓の数）を、
揃える必要があります。
（例）
もともと5種類（キーワード、カテゴリー、価格帯（最低価格と最高価格）、独自商品コード）の要素で
検索フォームが設置されています。
上記とは別で同じ画面にあらたに3種類（キーワード、カテゴリー、独自商品コード）の要素で
検索フォームを設置したいです。
あらたに検索フォームを設置する箇所にも「5種類+検索ボタン」をすべて記述した上で
非表示にしたい検索要素（価格帯（最低価格）、価格帯（最高価格））をCSSで非表示に指定してください。
・キーワード
・カテゴリー
・価格帯（最低価格） ⇒「display:none」などCSSで非表示にしてください
・価格帯（最高価格） ⇒「display:none」などCSSで非表示にしてください
・独自商品コード
+
・検索ボタン
詳細は以下のサポート記事をご確認ください。
■makeshopサポート記事
クリエイターモードに検索フォームを追加するときの注意点