「すべての商品」はショップの全商品が必ず所属するカテゴリのため、特定の商品だけを除外することはできません。
元の「すべての商品」を非公開にし、表示させたい商品のみを登録した新しい「すべての商品」カテゴリに差し替えることで、表示させたい商品だけを「すべての商品」に表示できます。
手順1) 元の「すべての商品」の名称とステータスを変更する
商品管理 / カテゴリ設定
「すべての商品」（ID：all_items）の編集アイコンをクリックし、カテゴリ名を「すべての商品（非表示）」などに変更したうえで、ステータスを「非公開」にして「更新」をクリックします。
※同じカテゴリ名は設定できないため、先に元の「すべての商品」の名称を変更してください。
手順2) 新しい「すべての商品」カテゴリを作成する
商品管理 / カテゴリ設定
カテゴリ名を「すべての商品」として新しいカテゴリを作成します。
※作成したカテゴリのカテゴリIDは、手順4)で使用します。
カテゴリIDは自動で設定され、カテゴリ設定の一覧で確認できます（任意のIDに変更も可能です）。
手順3) 新しいカテゴリに商品をまとめて登録する
商品管理 / 商品一覧
「すべての商品」に表示させたい商品のチェックボックスにチェックを入れ、画面下部の「まとめて編集」をクリックします。まとめて編集の画面で、商品カテゴリに手順2)で作成したカテゴリを設定して更新します。
※まとめて編集で一度に更新できるのは、最大500件までです。500件を超える場合は、複数回に分けて登録してください。
※まとめて編集で設定したカテゴリは、基本カテゴリにはなりません。
■マニュアル
カテゴリ設定
商品のまとめて編集について
手順4) 元の「すべての商品」ページから新しいカテゴリへ転送する
ステータスを「非公開」にしても、元の「すべての商品」のページURL（/view/category/all_items）に直接アクセスすると、全商品が表示されます。下記の記述で、新しいカテゴリへ転送させます。
ショップデザイン / テンプレート選択・編集 / クリエイターモード / 商品カテゴリー
「HTML」欄の <head>～</head> の中に、下記を追記して保存します。
<{if $category.code == 'all_items'}>
<meta http-equiv="refresh" content="0;URL=/view/category/ct○○">
<{/if}>※「ct○○」は、手順2)で作成したカテゴリのカテゴリIDに置き換えてください。
※作業前に必ずデザインセットのバックアップを取ってから実施してください。保存した内容は上書きされるため、バックアップがない場合は元の状態に戻せないことがあります。
■makeshopサポート：ショップデザインバックアップしてますか？！
※今後新しく商品を登録した場合、新しい「すべての商品」カテゴリには自動で登録されません。表示させたい商品は、その都度カテゴリを設定してください。