「$item.has_option」 バリエーションが設定されているかどうか（真偽値）
の変数タグを使用して、価格の後ろに「～」と表示させることができます。
◆商品詳細ページ
ショップデザイン / テンプレート選択・編集 / 商品詳細
「HTML」内に記述されている価格のソース
<{$item.price_html}>円
の後ろに
<{if $item.has_option}>～<{/if}>
と追記してください。
追記後）
<{$item.price_html}>円<{if $item.has_option}>～<{/if}>
◆トップ、カテゴリー、検索結果ページ
それぞれの画面の商品リスト内の価格のソース
<{$〇〇〇.list[i].price|number_format}>円
の後ろに
<{if $〇〇〇.list[i].has_option}>～<{/if}>
と追記してください。
追記後）
<{$〇〇〇.list[i].price|number_format}>円<{if $〇〇〇.list[i].has_option}>～<{/if}>
〇〇〇にはその商品リストの変数を記述してください。
※ただし、この対応では「バリエーションがあるかどうか」で判定していますので、バリエーションで価格差がない場合でも「～」が表示されてしまいます。