【クリエイターモード】テンプレートManabitoでPC表示・左メニューのカテゴリーリストから、２階層目のカテゴリーの表示を消すことはできますか。

該当箇所のソースを削除すれば可能です。

ショップデザイン / テンプレート選択・編集
　　　　　　【クリエイターモード】>【モジュール管理】

モジュール名：サイドナビ　モジュールID：$module.side_nav

以下のソース（初期値では18～26行目 ）を削除してください。

<{if $category_menu.list[i].child_category.has_item}>
    <ul class="side-nav-sub-category">
    <{section name=j loop=$category_menu.list[i].child_category.list}>
        <li>
            <a href="<{$category_menu.list[i].child_category.list[j].url}>"><{$category_menu.list[i].child_category.list[j].name}></a>
        </li>
    <{/section}>
    </ul>
<{/if}>