商品詳細ページのHTMLを編集することで、「バリエーション（SKU）の価格が販売価格と異なるときだけ」という条件で、SKUの価格の表示が可能です。
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「HTML」入力欄内に一度カーソルを置いた状態でキーボードのCtrlとFキーを同時に押し、表示される検索窓に
$item.option_sku.list[i].price|number_formatと入力（コピー＆ペースト）し、キーボードのEnterキーを押して以下のような「バリエーション（SKU）の価格」の記述を見つけてください。
<p class="price">￥<{$item.option_sku.list[i].price|number_format}><span>（税込）</span></p>この記述を、「バリエーション（SKU）の価格が販売価格と異なる場合」という条件文で囲み、保存してください。
＜追記後＞
<{if $item.option_sku.list[i].price != $item.price}> <p class="price">￥<{$item.option_sku.list[i].price|number_format}><span>（税込）</span></p> <{/if}>
＜表示例＞
complete以外のテンプレートでも可能ですが、テンプレートによっては価格の表記のマークアップ（pやspanなどの要素）や、classが異なりますので、ソースを確認のうえで該当する記述にたいして条件分岐を追記してください。