はい、商品管理 / カテゴリ設定 にてカテゴリーを作成し、商品登録時に分類します。
カテゴリーは1カテゴリーあたり最大5階層の段階を設けることが可能です。
■マニュアル カテゴリーの設定
https://manual.makeshop.jp/hc/ja/articles/16324912650521
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