ショップデザインにて「www」あり・なしのドメインが混在して記述されている場合、本事象が起こることがあります。
カート画面（買い物かご画面）はドメイン毎のcookieで制御されているため、下記のように違うドメインの商品をカートに入れた場合、別々のカートで管理されます。
http://www.example.com/shopdetail/000000000001/ ⇒ 「www.example.com」ドメインのカートへ入る
http://example.com/shopdetail/000000000001/ ⇒ 「example.com」ドメインのカートへ入る
【ショップデザイン】でショップ内のページ遷移を
・変数タグ
・相対パス
でデザイン作成されている場合はこの事象は発生しません。
カテゴリーページ、商品詳細ページなどへのリンクを絶対パスで設定している場合に本事象が発生する可能性があります。
・絶対パスの例）http://example.com/shopdetail/000000000001/
・相対パスの例）/shopdetail/000000000001/
▼対処方法
【ショップデザイン】の中でHTMLのリンク記述で「www」あり・なしのドメインが混在している箇所がないかご確認の上、相対パスで記述する、または「www」ありに統一することにより解消されます。