PC用とスマホ用のように別々に分けることはできません。
ショップデザイン / 機能・設定 / トップページ / トップページイメージの設定 で設定したスライドショーは、どのデバイスで見ても同じです。
テキストを入れない、左右が切れてもよい写真にする、などそれぞれのデバイスでの見え方を考慮して画像を用意してください。
デザインでの対応策として、CSSで「スマホでのみ画像の高さを増やし、バナーの真ん中の部分だけ表示する」のような調整は可能です。
表示例）
デザインテンプレート【Wabisabi】サンプルショップ
https://tplwabisabi.makeshop.jp/
完全に異なる画像を表示したい場合は、PCかスマホのどちらかには トップページイメージの設定 の変数タグを使用せずに、別途スライドショーを表示させるソースを個別に作成して対応してください。