注文確認メールと配送完了メールとで、注文の合計金額が異なる場合があるのですが、なぜでしょうか。

該当の注文が「複数配送」注文である可能性があります。

「複数配送」注文の場合は、注文時に会員割引などが適用された場合、注文時の注文確認メールには
「割引後」の合計金額が表示され、配送完了時の「配送完了」メール内には「割引前」の合計金額が
表示される形となります。
※【注文検索/一括処理】内には、常に割引前と割引後の両方の金額が表示されます。

実際にご注文者様側へ発生する請求金額は、「割引後」の金額となりますが、必要の際は、あらかじめ
ショップ上へ注意文を記載するなどしてご対応ください。