配送完了をし、ポイント付与のタイミングも過ぎている注文にポイントが付与されていない原因を教えてください。

ログインをせず購入されていることが考えられます。
注文詳細に「会員ID」項目が表示されていない場合、会員による購入ではないため、ポイントは付与されません。

▼会員による注文の場合