1つの注文に対して複数の伝票番号を登録する機能のご用意はございません。
2つ目以降は注文管理 / 注文一覧 / 注文詳細 「対応メモ」にご記載ください。
■マニュアル 注文詳細
https://manual.makeshop.jp/hc/ja/articles/22973538465305
配送完了メールに複数の伝票番号を入力し送信される場合は、注文管理 / 注文一覧 の「まとめて処理」にて「出荷・配送処理」を選び、「メールを編集して送信する」から、メール本文に伝票番号の追記をおこなえます。
■オンラインマニュアルマニュアル 出荷・配送処理
https://manual.makeshop.jp/hc/ja/articles/22926038997913#h_01JAFJG2253CXZG9WJ2MDXBPZ9
また、テンプレートメールを利用して複数の「配送業者」と「伝票番号」をお客様にお知らせすることが可能です。
詳細は以下サポート記事をご参考ください。
■makeshopサポート
1注文の配送完了メールを複数回に分けて送る方法！
https://www.support.makeshop.jp/design/?p=18589