注文管理 / 注文一覧 「まとめて処理」を利用し、「入金処理」からメール送信の有無を選択して処理できます。
■マニュアル 入金処理
https://manual.makeshop.jp/hc/ja/articles/22926038997913#h_01JAFJ49DYGYZZCMYMP5GT3Z8P
注文個別におこなう場合は、「リストを注文ごとにまとめる」をONにし、「配送先」ごとに分かれたレコードを「注文」ごとで1つにまとめた状態で注文詳細へ入ります。
「決済情報」内の「決済ステータスを変更する」より「入金完了」へ変更できます。